1. 丙酸的氧化
奇數碳原子脂肪酸，經過β-氧化除生成乙酰CoA外還生成一分子丙酰CoA，某些氨基酸如異亮氨酸、蛋氨酸和蘇氨酸的分解代謝經過中有丙酰CoA生成，膽汁酸生成經過中亦產生丙酰CoA。丙酰CoA經過羧化反應和分子內重排，可轉變生成琥珀酰CoA，可進一步氧化分解，也可經草酰乙酸異生成糖，反應經過見右圖。
2. α-氧化
脂肪酸在微粒體中由加單氧酶和脫羧酶催化生成α-羥脂肪酸或少一個碳原子的脂肪酸的經過稱為脂肪酸的α-氧化。長鏈脂肪酸由加單氧酶催化、由抗壞血酸或四氫葉酸作供氫體在O2和Fe2+參與下生成α-羥脂肪酸，這是腦苷脂和硫脂的重要成分，α-羥脂肪酸繼續氧化脫羧就生成奇數碳原子脂肪酸。α-氧化障礙者不能氧化植烷酸(phytanic acid,3,7,11,15-四甲基十六烷酸)。
3. ω-氧化
脂肪酸的ω-氧化是在肝微粒體中進行，由加單氧酶催化的。shouxian是脂肪酸的ω碳原子羥化生成ω-羧脂肪酸，再經ω醛脂肪酸生成α,ω-二羧酸，然后在α-端或ω-端活化，輸進線粒體輸進β-氧化，較后生成琥珀酰CoA。
4. 不飽和脂肪酸(unsaturated fatty acid)的氧化
體內約有1/2以上的脂肪酸是不飽和脂肪酸，食物中也含有不飽和脂肪酸。這些不飽和脂肪酸的雙鍵都是順式的，它們活化后輸進β-氧化時，生成3-順烯脂酰CoA，此時需要順-3反-2異構酶催化使其生成2-反烯脂酰CoA以便進一步反應。2-反烯脂酰CoA加水后生成D-β-羥脂酰CoA，需要β-羥脂酰CoA差向異構酶催化，使其由D-構型轉變成L-構型，以便再進行脫氧反應(只有L-β-羥脂酰CoA才能作為β-羥脂酰CoA脫氫酶的底物)。
不飽和脂肪酸氧化生成CO2和H2O時提供的ATP少于相同碳原子數的飽和脂肪酸。